所謂的分子蒸餾工藝，其實它就是一種在高真空下進行操作的蒸餾的方法。利用料液中的各個組分蒸發速率的這樣的差異，實現對液體和混合物進行了分離，成效很顯然。
但凡是都有例外，有些新用戶由于不同原因，使用短程分子蒸餾設備成效沒有達不到預期的成效，下意識的認為是設備質量、性能問題，其實不然，設備出現問題的幾率很少，每臺設備在出廠前都經過嚴格的審查，之所以造成分離成效不佳越多的原因還是這些：
1、溫度：選擇適蒸發溫度。
2、壓強：當蒸餾溫度達到一個值時，壓強越小(真空度越高)，物料的沸點越低，分子平均自由程越大，輕分子從蒸發面到冷凝面的阻力越小，分離成效越好。
3、被蒸餾物質的性質：相對揮發度越大，也就是待分離的輕、重組分分子的蒸汽壓之比越大，兩者越易分離。
4、進料速度：進料時物料流速太快，待分離組分還未蒸發就流到蒸發面底部，起不到分離作用。分子蒸餾系統物料流速太慢，影響分離效率。
5、蒸發液膜的覆蓋面積、厚薄和均勻度：蒸發液膜越薄、越均勻、覆蓋面積越大，蒸餾成效越好。
6、物料中雜質：物料中雜質會影響分子蒸餾分離效率，可以用離心機進行預處理。
7、攜帶劑的使用：攜帶劑要求沸點高，對物料有較好的溶解性，不與物料發生化學反應，且易于分離出去。
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